Thành lập năm 2002 cùng với lịch sử phát triển hơn 45 năm của bệnh viện. Từ những ngày đầu còn non trẻ với 10 giường hồi sức, 5 máy thở, 3 lồng ấp, 5 đèn chiếu vàng da. Hiện khoa đi vào hoạt động với cơ sở vật chất vượt trội, đội ngũ chuyên gia bác sĩ có trình độ chuyên môn cao về lĩnh vực sơ sinh liên tục ứng dụng các phương pháp điều trị mới nhất thế giới cùng chất lượng dịch vụ tốt, đến nay khoa sơ sinh đã trở thành địa chỉ chăm sóc sức khỏe tin cậy cho hàng 1000 trẻ sơ sinh tại Đồng bằng sông Cửu Long.

Mỗi năm khoa sơ sinh thực hiện điều trị trên 1500 trẻ sơ sinh bệnh lý phức tạp như bệnh lý hô hấp, tim mạch, nhiễm khuẩn, dị tật bẩm sinh, sơ sinh non tháng nhẹ cân. Với quy mô 100 giường thực kê với 30 giường hồi sức và 20 máy thở. Hệ thống trang thiết bị hiện đại hỗ trợ tối ưu cho chẩn đoán và điều trị như máy thở cao tầng điều trị các trường hợp suy hô hấp nặng, điều trị bệnh màng trong do thiếu chất surfactant bằng phương pháp bơm surfactant xâm lấn hoặc không xâm lấn, điều trị tăng áp phổi bằng thuốc, điều trị vàng da nặng bằng phương pháp chiếu đèn ,thay máu ,nuôi dưỡng tĩnh mạch trung tâm cho trẻ có cân nặng thấp và rất thấp, chăm sóc kangaroo, khám đánh giá và theo dõi sự phát triển tâm vận động lâu dài cho trẻ sơ sinh non tháng, bệnh lý phức tạp.

Khoa sơ sinh có định hướng xuyên suốt và đầu tư bài bản cho đào tạo và nghiên cứu khoa học luôn phối hợp chặt chẽ với các trường đại học y dược và các bệnh viện lân cận để xây dựng mô hình đào tạo nhân lực y khoa chuẩn về lĩnh vực sơ sinh. Khoa sơ sinh là hệ thống thực hành của các sinh viên y khoa, các bác sĩ nhi khóa cơ bản ,bác sĩ nội trú, cao học, chuyên khoa, nghiên cứu sinh của trường đại học Y dược Cần Thơ đào tạo y khoa trong khu vực.

Khoa sơ sinh bệnh viện Nhi đồng Cần Thơ là đơn vị đi đầu trong công tác đào tạo và chỉ đạo tuyến chuyển giao kĩ thuật cho các bệnh viện vệ tinh đặc biệt khoa sơ sinh đã đào tạo và giúp đỡ các bệnh viện tuyến dưới trong việc nâng cao năng lực khám chữa bệnh hồi sức cấp cứu và chăm sóc trẻ sơ sinh vì mục tiêu giảm lệ tử vong sơ sinh trong khu vực đồng bằng sông Cửu Long.

Trong những năm qua khoa sơ sinh không ngừng phấn đấu để khẳng định sứ mệnh lớn lao mà mình theo đuổi bằng việc trở thành một đơn vị chăm sóc trẻ sơ sinh hàng đầu toàn diện và chất lượng. Các dịch vụ đang được thực hiện tại khoa sơ sinh: chăm sóc và điều trị trẻ sơ sinh bệnh lý, khám sức khỏe toàn diện, khám phát hiện bệnh lý vàng da sớm và điều trị vàng da bằng ánh sáng liệu pháp, khám và điều trị bệnh lý về hô hấp, tiêu hóa, nhiễm trùng sơ sinh, khám theo dõi cho trẻ sơ sinh sau khi ra viện đặc biệt là trẻ sơ sinh sinh non, trẻ bị vàng da thay máu, trẻ bị bệnh não do thiếu oxy, sàng lọc và tư vấn các bệnh lý bẩm sinh di truyền và hiếm gặp, tư vấn chăm sóc trẻ sơ sinh: tư vấn chăm sóc da mắt rốn, tư vấn theo dõi tăng trưởng và phát triển, tư vấn dinh dưỡng, tư vấn nuôi con bằng sữa mẹ, cách cho con bú, tư vấn duy trì nguồn sữa mẹ, giải pháp thay thế sữa mẹ, dịch vụ tắm bé và massage bé, tư vấn tiêm chủng, xét nghiệm sàng lọc sau sinh: thiếu hụt men G6PD,sàng lọc tim bẩm sinh, suy giáp bẩm sinh, tăng sản thượng thận bẩm sinh, bệnh nhân được thăm khám với các chuyên gia có trình độ chuyên môn cao, tuân thủ phát đồ điều trị đảm bảo chất lượng chăm sóc người bệnh với tiêu chí hàng là ưu tiên an toàn người bệnh và thường xuyên được đánh giá khá kĩ thuật để cải thiện chất lượng dịch vụ. Các quyền lợi của bệnh nhân và thân nhân được tôn trọng, đề cao, đặc biệt quyền riêng tư và bảo mật thông tin, theo dõi thông tin rõ ràng tư vấn đầy đủ các kĩ thuật về chăm sóc và nuôi dưỡng trẻ sơ sinh.