Đến tháng 9 năm 2011, Bệnh viện Nhi đồng thành phố Cần Thơ được công nhận là Bệnh viện công lập, hạng I, chuyên khoa Nhi, trực thuộc Sở Y tế thành phố Cần Thơ. Có chức năng khám và điều trị cho trẻ từ 0 đến dưới 16 tuổi.

Do số lượng bệnh nhi tại các quận, huyện và các tỉnh thành lân cận tập trung về đây điều trị ngày càng tăng, Bệnh viện luôn trong tình trạng quá tải, chật hẹp. Vào ngày 25 tháng 4 năm 2016, Bệnh viện được dời về cơ sở mới tại số 345 đường Nguyễn Văn Cừ (nối dài), phường An Bình, quận Ninh Kiều, thành phố Cần Thơ. Đây là công trình Bệnh viện có kiến trúc và công năng hiện đại nhất khu vực đồng bằng Sông Cửu Long, với quy mô 500 giường; cơ sở vật chất khang trang, xanh sạch đẹp và được đầu tư những trang thiết bị hiện đại, nhằm nâng cao chất lượng khám chữa bệnh, đáp ứng sự mong mỏi của người dân và góp phần giảm tải cho các Bệnh viện Nhi tuyến trên.

Trong suốt chiều dài lịch sử 40 năm hình thành và phát triển. Cho đến nay, quy mô Bệnh viện đã được nâng lên 600 giường bệnh, với 17 khoa lâm sàng, 4 khoa cận lâm sàng, 9 phòng chức năng. Về cơ cấu nhân sự Bệnh viện gồm 1 Giám đốc, 3 phó Giám đốc, 607 CBVC (Sau đại học 32, đại học 30, khác 200). Trung bình mỗi ngày Bệnh viện tiếp nhận gần 2.000 lượt khám bệnh ngoại trú và số bệnh nhi điều trị nội trú từ 700 – 1.200 bệnh nhi.

Trong 6 tháng đầu năm 2019, công suất sử dụng giường bệnh đạt 93%, tăng 11.2% so với năm 2018; tỉ lệ hài lòng của người dân với dịch vụ y tế đạt 88.3%, tăng 0.7%; kết quả đánh giá chất lượng bệnh viện đạt 80/83 tiêu chí, chiếm 95% tỷ lệ áp dụng. Bệnh viện đang từng bước thực hiện các kỹ thuật mới đã được chuyển giao như: chụp CT 128 lá cắt, lọc máu liên tục, điều trị bệnh võng mạc trẻ đẻ non, đo nhĩ lượng, đo âm ốc tai…Với sự hỗ trợ của Bệnh viện Nhi đồng 1, tổ chức Ipsac, Bệnh viện thực hiện thành công các trường hợp phẫu thuật bệnh lý ngoại khoa phức tạp: bất sản hậu môn trực tràng, nang ống mật chủ; hẹp hậu môn; đóng hậu môn tạm, bệnh Hirschsprung…

Có thể nói, chặng đường 40 năm hình thành và phát triển của Bệnh viện là một quá trình phấn đấu không ngừng, không ngại gian khó, luôn nỗ lực học tập, trau dồi và tiếp cận những kiến thức mới nhằm nâng cao năng lực khám chữa bệnh của tập thể cán bộ, nhân viên y tế Bệnh viện. Không chỉ cập nhật những kiến thức trong nước mà các y bác sỹ, điều dưỡng, kỹ thuật viên Bệnh viện còn được học hỏi kinh nghiệm từ các đồng nghiệp nước ngoài thông qua sự hợp tác từ các tổ chức quốc tế như: Hội VMA (Thụy Sỹ), tổ chức Children Action (Thụy Sỹ), tổ chức IPSAC-VN (Hoa Kỳ), tổ chức MEET và Đại học Washington (Hoa Kỳ), tổ chức Orbis (Hoa Kỳ), tổ chức Volunteer Around the World (Hoa Kỳ), tổ chức Kocun (Hàn Quốc), Đại học Ghent (Bỉ), Evalina London Children’s Hospital (Anh),…Từ những ngày đầu thành lập còn nhiều khó khăn, Bệnh viện Nhi đồng thành phố Cần Thơ đã nhận được sự hỗ trợ và giúp đỡ nhiệt tình từ các tổ chức phi chính phủ nước ngoài cả về kiến thức chuyên sâu và trang thiết bị hiện đại.

Với những thành tích đã đạt được, Bệnh viện Nhi đồng thành phố Cần Thơ vinh dự nhận được Huân chương Lao động Hạng III của Chủ tịch nước vào năm 2001; 02 Cờ thi đua xuất sắc của Chủ tịch Ủy Ban Nhân dân Thành phố Cần Thơ năm 2013 và 2018; Bằng khen của Bộ Y tế về việc công nhận Bệnh viện đạt tiêu chuẩn Bệnh viện xuất sắc toàn diện năm 2003, 2005, 2007, 2010, 2011; 6 Bằng khen của Chủ tịch Ủy Ban Nhân dân Thành phố Cần Thơ qua các năm và Danh hiệu “Tập thể lao động xuất sắc” của Chủ tịch Ủy Ban Nhân dân Thành phố Cần Thơ cho tập thể Bệnh viện Nhi đồng năm 2007, 2008, 2010, 2011, 2014, 2016, 2017, 2018, Cờ thi đua 2018.

Không chỉ nỗ lực nâng cao trình độ chuyên môn, đề cao tinh thần trách nhiệm trong công việc mà đội ngũ y, bác sĩ Bệnh viện Nhi đồng thành phố Cần Thơ còn quan tâm nhiều đến vấn đề nâng cao y đức, quy tắc ứng xử để xứng đáng với thương hiệu Bệnh viện đầu tuyến vùng ĐBSCL và tiếp tục thực hiện đề án Bệnh viện vệ tinh giai đoạn 2 của Bệnh viện Nhi đồng 1, Bệnh viện Nhi đồng TP Cần Thơ mang sứ mệnh “Cho trẻ sức khỏe – Cho trẻ tương lai” đã liên tục phát triển về mọi mặt và có những bước đi khá vững chắc, nhanh chóng trở thành địa chỉ khám chữa bệnh tin cậy của người dân trên toàn khu vực ĐBSCL.